骨包囊虫病的治疗方法主要为手术治疗，通过手术将病骨部分完全切除。如果在手术过程当中不能够彻底地清除病变的骨头，可使用刮骨、植骨的方法进行治疗。
在手术的过程当中，也要避免囊液外流，以防止引起过敏性休克。在将病灶刮除后，还需放置引流管，将脓液引流到外面。如果骨包囊虫病已经处于晚期，骨质破坏特别严重，通过刮除或切除没有效果，应当考虑进行关节离断术。
如果累及到了脊柱部位，应尽早的将病灶清除并且进行植骨，防止压迫到神经或脊髓。