包囊虫病的影响取决于具体发生的部位以及形成囊腔的大小。
在早期可以没有明显的临床症状，但是随着囊腔逐渐增大，有可能对周围脏器产生压迫作用，而表现出腹痛不适、消化不良、厌食等的症状。巨大的囊腔可能会使膈肌抬高，而影响到呼吸功能。
如果发生在肝门部时有可能会压迫门静脉和胆道和引起黄疸、腹水等症状，并且如果囊腔破裂后，囊液流入腹腔有可能会引起腹膜炎、过敏反应，甚至会出现过敏性休克等严重后果。
因此，对于包囊虫病明确诊断后，手术是主要的治疗方法。