结膜结石较小时可不予处理，如果结石较大时主要通过表面麻醉后，在裂隙灯下剔除的方式来治疗。
结膜结石较小时位置较深，结膜面平整，无明显不适感，一般不需要特殊的治疗。结膜结石增大时，突出到浅表位置，突出结膜面，形成黄白色的小颗粒，增加结膜摩擦，患者自觉眼部有异物感和摩擦感。
治疗时患眼先点表面麻醉眼药水，在裂隙灯照射下用针头将结石挑出，之后给予抗感染类眼药水治疗，切不可自己手动挑出结石，以免处理不恰当可能造成较大的创面或者继发感染。