蛛网膜囊肿分为先天性蛛网膜囊肿以及继发性的蛛网膜囊肿。
先天性的是最常见的蛛网膜囊肿，发病原因是由于胚胎发育过程中有脱落在蛛网膜下腔的蛛网膜小块发展而成的，或者是因为蛛网膜发育异常导致的。该囊肿腔与蛛网膜下腔完全隔开，互不相通，成为一个真正的闭合性的囊肿。但是也有囊肿腔通过一个不容易被察觉的小洞和蛛网膜下腔相通。
第二种是继发性的蛛网膜囊肿，通常是由于颅内的炎症或者是颅脑外伤或者颅脑手术后引起的。炎症可以引起广泛的粘连，外伤可以导致囊肿破裂，形成活瓣，使脑脊液不断渗出。