骨髓炎通常根据细菌培养及药敏试验结果，口服敏感抗生素，如头孢类抗生素，一般很少外用药物治疗，因外用药物治疗效果很差。
骨髓炎一般见于细菌感染，在治疗上也是以抗感染治疗为主，首先可以选择广谱的抗生素治疗，可以选择青霉素、头孢类抗生素治疗。在治疗过程中，可以穿刺抽吸或取小块组织行细菌培养及药敏实验，根据实验的结果，选择敏感性较强的抗生素治疗。如果关节疼痛严重，行彩超检查关节周围有脓肿形成，就需要行手术开窗引流治疗，在引流过程中，可以应用抗生素持续冲洗治疗。
骨髓炎是一种消耗性疾病，在抗感染治疗同时，还可以多吃一些含蛋白质丰富的食物，或者输入血浆白蛋白等营养药物，加强机体免疫力，促进骨髓炎的恢复。