近端(Ⅱ型)肾小管性酸中毒发病原因主要分为两种：
第一，原发性，暂时还没有非常明确的病因，一般认为主要是和遗传因素相关，而其表现仅存在于再吸收障碍上面，不会有其他的症状存在。
第二，则是继发性病因，常发身在很多全身性疾病后，同时伴有多种肾小管功能的异常，如眼-脑-肾综合征、Lowe综合征、遗传性果糖不耐受症、酪氨酸血症、半乳糖血症、糖原贮积病等等。
另外还有来自药物和毒素的一些损害因素，如重金属中毒、马来酸中毒等等，都是可以导致该疾病的发生。