不同的肝脓肿有不同的治疗方法，目前中医的疗效不如西医。为了找出病因，可以进行穿刺，或者进行相关的实验室检查，以确定病因，包括肝穿刺。
如果是阿米巴性肝脓肿，可以抽出巧克力色的脓液，细菌性脓液可以抽出黄绿色或黄白色的液体。
所以首先要通过检查，用抗生素治疗或手术引流或切除。如果是阿米巴肝脓肿，或是真菌性肝脓肿，可以考虑使用抗阿米巴药物或抗真菌药物，根据不同感染情况进行治疗。目前，中医尚无明确的方药能完全治疗肝脓肿。