同房时性交痛一般和生殖系统炎症，例如男性患有阴茎包皮炎后，同房时会刺激包皮，从而引起阴茎疼痛。女性人群患有阴道炎或者尿道口炎，阴唇发炎后，容易引起阴道疼痛。
另外，同房时用力过度，也会引起生殖器官疼痛。
其次，同房时女性阴道分泌物少，容易引起阴道黏膜干燥，这时同房就容易引起阴道疼痛。建议做生殖系统方面相关检查，明确具体病因。性交疼痛，要减少同房次数，同时经常清洗干净生殖器官，可以改善性交疼痛症状。