男女双方发生性交痛，引起的病因是不一样的。男性发生性交痛，比较常见的病因是男性可能患有：包皮龟头炎、包茎、前列腺炎、精囊炎等疾病。
包皮龟头炎会使的包皮以及龟头组织的脆性会增大，当进行性生活时，很有可能会出现包皮以及龟头表面有撕裂，因而会出现性交痛。当患有包茎、包皮口狭小，进行性生活有可能会出现包皮嵌顿，而引起性交痛。
前列腺炎、精囊炎会使得男性当射精时会出现射精痛。女性当患有妇科的炎症，进行性生活会出现炎症性的疼痛。如果阴道口比较狭小，也会引起疼痛的症状。