男性龟头下面有水疱，最常见的是生殖器疱疹，是一种单纯疱疹病毒感染所导致的性传播疾病，一般在不洁性接触后的1~3个月之内发生，也就是潜伏期大概是1~3个月。
刚发作时表现为阴茎包皮等部位水疱，呈簇状分布，水疱周围会有轻微疼痛感，随着水疱的破裂，会形成一个糜烂的创面。这个疾病最大的特点是长期反复发作，尤其是当人体抵抗力下降时，局部会再次发作，每次发作周期约1~2周，可以自行愈合。
如果发现有水疱，而且有不洁的性接触史，就要检查疱疹病毒抗体，以明确诊断。