龟头上有水疱，多考虑可能为龟头炎所引起，通常是由于真菌、细菌、疱疹病毒等病原菌感染所致。由于龟头部位存在这些致病菌，导致龟头局部产生炎症反应，造成龟头充血、增大，可使龟头局部出现小水疱，常见于包茎、包皮过长的男性。尤其是平时没能注意个人生理卫生，更容易诱发龟头炎。
也可能为生殖器疱疹所引起，主要是由于平时结交多个性伴侣，存在不洁的性行为，导致感染疱疹病毒所引起。可使患者的龟头、尿道口以及阴茎等部位出现较多的小水疱。当水疱破溃后，可形成浅表性溃疡，并伴有液体渗出。
因此，当龟头部位出现水疱时，建议及早就诊，确定病因后对症治疗。