甲状舌囊肿及瘘管可通过患者的临床症状以及亚甲蓝注入法、B超检查、X造影检查以及穿刺细胞学检查进行鉴别诊断。
甲状舌囊肿及瘘管与皮样囊肿、颌下淋巴结炎、异位甲状腺等疾病比较类似，但是医生一般通过上述检查即可进行排除。
甲状舌囊肿及瘘管主要是由于胚胎发育时期，甲状舌管退化不完全造成，由于可能会发生癌变，因此一旦确诊后，需要及早进行手术治疗，通过手术彻底的切除囊肿及瘘管是治疗此病最有效的方法。但是如果切除的不彻底，术后可能会复发。