新生儿胆道闭锁的病因不是十分明确，可能与以下几种因素有一定的关系：
1.感染。在出生前后如果发生病毒感染，比如巨细胞病毒、轮状病毒等容易肝内外胆道炎症，导致胆道闭锁。
2.胚胎因素。胎儿在发育的过程中胆道受到干扰，或者是肝内解剖结构异常，比如肝动脉畸形等也容易合并胆道闭锁。
3.遗传因素。基因突变也有可能会导致胆道闭锁。
4.其他因素。比如母亲孕期接触到有毒物质，婴儿免疫系统受到病毒感染。性别因素，女孩发病多于男孩，种族不同以及早产等，都有可能导致胆道闭锁。