新生儿肝炎和新生儿先天性胆道闭锁都可以表现为黄疸、肝功能异常，但是有以下几点可以用于鉴别：
1.新生儿胆道闭锁是一种先天性的肝外、肝内胆管发育异常，而导致胆汁排泄障碍，从而会出现黄疸、大便发白、尿色加深等临床表现。而新生儿肝炎多数是由于某种原因，如病毒性或者药物性引起的肝细胞受损，一般很少见于黄疸、大便颜色变深等情况。
2.可以通过辅助检查进行鉴别，其中肝脏B超是最主要的检查手段。对于新生儿普通肝炎，B超可以观察到肝脏内光点密集、增粗改变。而先天性胆道闭锁可以在B超下检查到闭锁现象。如果仍不能够明显鉴别的，还可以去检查肝脏磁共振增强，是诊断新生儿胆道闭锁的金标准。