食管囊肿是食道上的囊性肿块，是一种先天性疾病。
食管囊肿的发病机制尚不清楚，多数认为食管囊肿可能来源于人胎儿前肠异位细胞，是纵隔肠源性囊肿的一种变异。通常发生在食道上部。大多数食管囊肿无症状。如果在新生儿和婴儿中发现食道囊肿，囊肿粘膜会分泌一些液体，使囊肿不断生长，导致消化道粘膜异位。
此时食管周围会发生出血或炎症，不治疗会有一定的风险。如果囊肿增大，就会压迫周围区域。如果气管受压，就会引起呼吸困难，可采用胸腔镜下微创手术治疗。