消化不良伴有头痛的症状，可能与心肾不交、肝火上扰有关，也可能是患者休息不好或者睡眠不足，导致患者出现了头痛。部分患者消化不良，如果同时有出现颈椎病或者是脑梗塞、脑血栓等疾病，有可能会同时伴有头痛症状。
假如患者消化不良的同时又受到了病原微生物的感染，导致患者出现大便次数的增多，有出现反复发热等症状时，也可能会出现头痛的症状。
因此，如果患者出现上述的临床表现时，需要详细询问疾病的发展过程以及最近的饮食习惯、既往的疾病情况。