在临床上并没有洁净术这种手术方式。高位复杂性肛瘘，大多是伴有多个外口和多个内口、多跟瘘管等等。而且瘘管的走行位置偏高，是跨过肛提肌上方。
高位复杂性肛瘘如果想其完全治愈，仍然需要通过手术切除。其他类型的肛瘘，也是需要通过手术才能完全治愈。
高位复杂性肛瘘需要明确主要的瘘管，以及内口。可以行主瘘管的切开挂线术，再加支瘘管的旷置挂线术。手术过程可能比较长，住院时间也比较久，切口的愈合时间也相对偏久。
由于术后的复发率相对偏高，所以在术前应完善各项检查，最大可能的明确瘘管的走行、位置。