习惯性便秘通常是功能性便秘，对身体的危害比较大。长时间习惯性便秘，粪便堆积在肠道内，时间长会使体内的毒素和毒气没有及时排出体外而导致被人体吸收，出现内分泌紊乱、皮肤暗淡粗糙。
由于粪便在肠道堆积过多压迫肠道的血管容易引起肠道疾病，比如痔疮、肠息肉，严重的还会导致肠道出现炎症、溃烂、梗阻，还有可能导致肠道发生恶变，引起肠道恶性肿瘤。
此外，长时间便秘也有可能引起心脑血管疾病和性功能障碍，对人体的危害是非常大。