腺癌和鳞癌的起源是不同的，腺癌是来源于腺体、导管上皮或分泌上皮的恶性肿瘤，而鳞癌是鳞状上皮来源的恶性肿瘤。
腺癌主要发生于乳腺、甲状腺、胃肠道以及子宫等部位，而鳞癌主要发生于皮肤、口腔、阴道，以及食管等，鳞状上皮覆盖的部位。显微镜下，腺癌的癌细胞大小不等、形状不一，且排列不规则。若为粘液腺癌，还可见大量粘液堆积在腺腔内。
鳞癌的癌细胞多呈团状分布，形成癌巢，与间质界限清楚，高分化的鳞癌的癌巢中央，可以见到角化珠。