慢性骨髓炎的致病菌常为多种细菌的混合感染，但金黄色葡萄球菌仍是主要的病原体。此外，革兰阴性杆菌也占很大比例。
慢性骨髓炎窦道附近的皮肤和软组织因持续引流和炎性分泌物的刺激，周围皮肤可发生湿疹样改变，皮肤变薄、表皮脱落、易受损伤。Resnick报道约有O.5%的病人可并发表皮样癌，少数病人可并发其他肿瘤如纤维肉瘤、血管肉瘤、横纹肌肉瘤、腺癌、基底细胞癌和浆细胞瘤等。
因慢性骨髓炎为长期消耗性疾病，患者肝、脾、肾等脏器可发生淀粉样变。偶有发生病理性骨折的。