治疗溃疡分枝杆菌感染，通常选择对麻风杆菌、结核杆菌等多种分枝杆菌有作用的药物如氯法齐明。
有继发性细菌感染或用于预防细菌感染，可以口服抗生素如头孢曲松，发生皮肤及皮下筋膜坏死，流脓破溃时，可以选择手术清除术之后进行皮瓣移植，以免造成畸形。
溃疡分枝杆菌感染是因为感染溃疡分枝杆菌所出现的皮肤单个、坚硬、皮下结节，严重者会出现会留下疤痕或是肢体畸形。所以如果有皮肤出现单个，坚硬的皮下结节时应及时就医，通过组织病理学等检查明确诊断，及时治疗，以免造成危及生命的脓毒血症等严重并发症。