治疗胞内分枝杆菌感染选择的是抑制细菌增长，杀死细菌的联合用药。通常是阿米卡星、环丙沙星、利福平联合用药，需要注意的是胞内分枝杆菌感染抗生素治疗，联合药物使用剂量较大，一般有可能会造成肝肾功能损伤。
在进行药物治疗的同时，一定要定期复查肝功能、肾功能等检查，及时换药、停药，在医生指导下进行，以免造成较严重后果。
胞内分支杆菌感染是因为细菌感染所造成的，发热盗汗、体重减轻、淋巴结肿痛热等，出现发热盗汗、体重减轻、淋巴结红肿热痛时，应及时就医，通过组织病理学等检查，及时治疗，以免引起消耗性疾病，营养不良等，造成生命危险。