肛瘘术后若经过规范的治疗，一般不会引起感染，如果不注意肛门卫生，有可能会引起切口感染。
肛瘘是肛门周围软组织的慢性化脓性疾病，通常继发于肛周脓肿以及肛门外伤之后，可以引起肛门反复的肿痛、破溃、流脓等临床症状。肛瘘发病后任何的保守治疗只可减轻临床症状，而不能根治，手术是唯一可以治愈的治疗措施。
手术时需要将肛瘘的内溃口、外溃口以及皮下瘘管全部切除才能治愈，术后不能缝合切口，因此创腔比较大，需要每日换药治疗，同时要静滴抗生素预防感染。如果患者肛门卫生差，可能会引起切口感染。