肛瘘手术后可能会出现以下的后遗症：
一、肛门失禁。特别是高位的肛瘘，手术比较复杂，手术时如果操作不规范，有可能会损伤肛门直肠环，如果切除过多的肛门肌肉组织，可能引起肛门失禁。如果术后的伤口较大，瘢痕组织增生，可能会导致肛门收缩功能下降，引起肛门收缩无力，造成肛门失禁。
二、术后会出现复发。特别是复杂性的肛瘘，有多个内口或多条瘘管，术中如果没有准确的找到内口，瘘管处理不彻底，有可能会导致术后复发。
三、假性愈合。如果手术后，伤口没有注意护理，有可能深部的组织还没有愈合，而肛门外面的皮肤已经闭合，出现死腔，引起假性愈合。