肛瘘外口离肛门的距离个体差异比较大，和瘘管位置的高低有一定的关系。
大多数的低位肛瘘距离肛门均在5cm之内，而高位肛瘘有可能就距离肛门比较远，超过5cm甚至10cm米以上，距离远的会在臀部甚至臀部以外的区域。肛瘘外口的位置和第一次肛周脓肿所处的位置，以及切开引流的位置也有直接的关系。
在肛周脓肿期，如果手术切开引流距离肛门比较远，其后期演变成肛瘘的外口也会距离肛门比较远，因为单纯行肛周脓肿切开引流的切口，大多会演变成肛瘘的外口。