肛门肿痛有可能是肛瘘的症状，肛瘘在临床上主要的症状为肛周反复的流脓以及肿痛，肛瘘在肛门周围有外口，直肠内有内口，内口和外口之间有肛瘘瘘管相连。
当瘘管内有急性感染时就会引起局部积脓而导致局部肿痛，脓液经肛瘘外口流出以后，疼痛随即出现缓解。部分低位肛瘘可以在肛门周围摸到条索状的瘘管，但并非只有肛瘘才会导致肛门肿痛。
另外，也有可能是肛周脓肿，痔疮或者肛周毛囊炎症等，患者还是应该及时去医院就诊，明确原因再采取相应的治疗。