脑脓肿的手术后遗症，通常有头痛、头昏、记忆力下降。如果位于功能区的脓肿，还可以出现肢体肌力下降，甚至偏瘫及癫痫发作等症状。
脑脓肿如果包膜没有形成，位于脑炎的阶段，可以选择敏感的抗生素。但是如果脓肿已经形成了明显的包膜，脓肿的位置也是比较表浅的，手术将脓肿以及可能存在的异物一并切除，患者大多可以得到比较好的恢复。
但是如果脓肿数量比较多，位置比较深，或者脓肿在重要的功能区，可以采取手术穿刺进行治疗。