马钱子种子有毒。马钱子的药用部位就是马钱子成熟干燥的种子，它的中毒机制主要是它所含有的两种成分作用于神经系统造成的，最主要的是木鳖碱和马钱子碱，两者毒性都比较大，可引起大脑皮层超限性抑制和特殊的强直性痉挛，甚至会引起呼吸肌强直性收缩，造成呼吸困难，有窒息的可能性。
所以在使用马钱子的时候，一定不要超量，马钱子的主要功效是通经止痛、散结消肿，常用于治疗各种风湿和类风湿性疾病。
若发生中毒症状，应及时停药并立即就医。