巧克力囊肿的治疗最好是患者选择手术进行治疗比较直接，也可以适当的口服中药进行调理。有些囊肿可自行吸收，有些囊肿则需要进行手术，主要看患者的病情而决定。
建议可做B超进行检查。有病一定要及时到正规医院去检查身体，尽早治疗，以免延误病情。
在日常生活中要懂得调节自己，放松心情。注意饮食，荤素营养均衡，适当增强营养，补充维生素。适当运动，增强体质。不要抽烟、喝酒，做有益身体健康的运动，例如有氧运动，积极的配合医生治疗。