导致急性间质性肾炎的主要原因有药物、感染和自身免疫性损伤。药物是导致急性间质性肾炎的主要原因之一。在所有药物导致的急性间质性肾炎中约1/3是由抗生素引起的，包括头孢菌素在内的众多β内酰胺类药物是最常见的导致急性间质性肾炎的抗生素。此外非甾体类抗炎药也可导致急性间质性肾炎约3/4的患者可以表现为中到大量的蛋白尿，甚至是肾病综合征样改变。
而利福平引起急性间质性肾炎被认为是与细胞免疫有关，多在再次服用或间断服用利福平后突然起病。别嘌醇是临床上常用的治疗原发性和继发性高尿酸血症和痛风的药物，但是它也会引起急性间质性肾炎。在临床上，别嘌醇导致的急性间质性肾炎多见于中老年，常伴有多种皮疹。
从广义上来讲，感染相关的急性间质性肾炎包括肾实质感染和全身感染所导致的急性间质性肾炎两种。前者主要由微生物直接侵犯肾盂及肾实质而引起化脓性损伤，后者是狭义的感染相关性急性间质性肾炎。