便秘对身体的危害包括肠道方面的危害以及非肠道方面的危害。
便秘患者食物残渣长期淤积在肠腔内，有可能会导致胃肠道功能的紊乱，并且有可能会出现腹胀、腹痛以及大便干硬的症状。大便干硬时有可能会导致患者出现肛门裂伤、排便困难引起痔疮。部分患者也可能会出现肠道肿瘤性疾病，引起溃疡性结肠炎，严重的可以引起肠穿孔。
非肠道方面的危害，主要表现为性生活障碍，以及诱发心脑血管疾病的发作，部分患者还可能会出现思维迟钝、记忆力下降。