软骨发育不全主要是通过手术来改善身高，比如肢体延长手术。主要是对股骨和胫骨部位进行延长术，至少需要进行2~3次手术，才能够使患儿的身高达到同龄人水平，也可能使患儿恢复正常的生活。
如果下肢存在明显的膝内翻，并且患儿年龄较小，可通过半侧骨骺阻滞的方法予以矫正，但是矫正的时间比较长。如果患儿年龄较大，主要是使用股骨以及胫骨截骨的方式进行矫正，通过有效的矫正能够使下肢的力线恢复正常。
软骨发育不全患儿只要及早地进行治疗，纠正畸形，大多数患儿预后较好。