功能性胃肠疾病和抑郁症关系密切，有共同的发病基础。在临床中，功能性胃肠疾病患者常会出现腹泻、腹胀、便秘以及胃部不适等症状，而这些症状也会出现在抑郁症患者当中。
抑郁症患者主要表现为情绪低落，部分患者的表现甚至不典型，在临床上多以躯体不适为主，尤其是胃肠功能的不适为主，通常会进行多个科室的联合治疗，而经过各方面检查、治疗后，效果仍欠佳，则考虑到心理科就诊，给予相应的抗焦虑、抗抑郁的药物治疗，而患者的治疗效果较好。
因此，从发病的机制而言，抑郁症和功能性胃肠疾病有共同的发病基础，与五羟色胺功能水平的变化有密切关系。