细菌性肝脓肿也是有可能留下后遗症的。不过多数的情况下是没有后遗症的，只有治疗不够彻底，或者患者的抵抗力弱的时候，才会出现有并发症或者后遗症的。
如脓肿形成对于肝细胞的影响，如导致的肝纤维化等。不过多数情况下，是不会导致比较严重的后遗症的。
不过细菌性肝脓肿也是需要系统的治疗的，因为治疗不够彻底，就有可能导致对于肝脏的损害等后遗症。在有必要的情况下，考虑脓肿部位的穿刺引流术，或者进行手术治疗等。