近年来的研究表明乙型肝炎病毒感染后，机体免疫系统的异常反应及乙型肝炎病毒直接对肾脏细胞的侵害，可能是乙型肝炎病毒相关性肾炎发病的主要机制。
一、乙型肝炎病毒抗原与抗体复合物致病：肾组织切片发现在肾小球的上皮下、内皮下及系膜区均有乙型肝炎病毒抗原和抗体免疫复合物的沉积，且乙型肝炎病毒相关性肾炎病理类型与这种免疫复合物分子量的大小和电荷有关，提示乙型肝炎病毒相关性抗原抗体免疫复合物在肾内的沉积引起肾脏的免疫损伤。
二、细胞免疫损伤致病：研究发现细胞毒T淋巴细胞可以直接攻击乙型肝炎核心抗原阳性的肾小管细胞，导致肾小管细胞的变性坏死，并进一步通过细胞因子的释放引起肾间质的损伤。
三、乙型肝炎病毒感染引起自身免疫异常致病：
四、乙型肝炎病毒直接感染肾脏细胞致病：由于乙型肝炎病毒DNA存在有较高的基因变异性，使其亲嗜性出现改变，由嗜肝病毒转变为嗜肾病毒，从而感染肾脏细胞而致病。