宝宝打干扰素的副作用与成人类似，每日剂量超过10MIU时多发，绝大多数是中、重度反应，减药或停药后可消除。
常见副作用有体重减轻、寒战、发热、无力、胸痛、咳嗽、呼吸困难、注射部位疼痛、关节痛、肌肉痛、皮肤干燥、瘙痒。
有皮疹、出汗多、尿频、恶心、呕吐、腹痛、腹泻、便秘、鼻出血、心率快、眩晕、耳鸣、视力异常、眼痛、头痛、口干、烦躁易怒、感觉异常、味觉异常、厌食、口渴、口腔炎、白细胞减少、中性粒细胞减少、红细胞减少、血小板减少、淋巴细胞减少等。