干扰素对小儿手足口病有一定的作用。干扰素是一类具有广谱抗病毒活性的蛋白质，是细胞感染病毒后释放的免疫活性物质。
干扰素抗病毒的机制主要是阻止病毒蛋白质的合成，抑制病毒核酸的复制转录，还能增强巨噬细胞的吞噬活性。干扰素有种属特异性，动物产生的干扰素对人无效，临床多用的是重组人干扰素。
引起手足口的病毒有二十多种，引起重症的多为Ev71以及柯萨奇A16，这些病毒都有蛋白质及核酸。所以手足口病用干扰素会有一定的作用，但不是特效，最有效的手段是接种EV71疫苗，可减少发生重症手足口病例的机会。