辛复宁主要成分就是重组人干扰素，所以辛复宁的副作用主要是来源于干扰素的副作用。干扰素是一种糖蛋白，具有高度的种属特异性。
干扰素具有抗病毒抑制细胞增殖，调节免疫及抗肿瘤作用。干扰素的副作用很多，一般常见的有感冒样症状。血液系统的副作用约有20%的患者可以出现白细胞总数，中性粒细胞及血小板轻到中度的减少，精神系统的副作用，它的发生率在10%~60%左右，多为轻度不影响治疗，最常发生的是乏力和虚弱，有部分病人可以出现抑郁的症状，还有其他不良反应，包括甲状腺功能的改变，主要是甲亢。另外如果药物中的杂质也能诱发过敏反应。所以，肌肉注射干扰素时要定期复查血常规，肝功肾功和甲状腺的功能，随时发现副作用，如果出现副作用要尽快停药。