原穴的作用，多用于脏腑疾病的诊断和治疗，因为十二原穴是能反映出脏腑病候的。所谓原穴是脏腑元气输注，经过和留止于十二经脉四肢部的腧穴，所以称十二原穴，共有十二个。
原有本源原气的意思，指的是人体生命活动的动力，为十二经脉维持正常的生理活动。十二原穴的位置多在于腕踝关节附近，六阴经的原穴与五输穴的输穴同名、同部位为一穴。所以，阴经的腧穴和原穴是同一穴。
临床治疗中，多用于原穴和络穴的配合使用。络穴和原穴，配合使用的方法称为原络配穴法，指的是把先病经脉的原穴和后病的相表里的经脉的络穴配合使用。