常见的症状有高热、畏寒、食欲不振、恶心、头痛、肺泡炎症、发烧、咳痰、胸闷气短、呼吸困难、咳嗽等。
传统上农民肺可分为急性、亚急性和慢性三型 。亚急性型多为急性延迟发展而来，症状比较严重，容易误诊。当吸入大量的嗜热放线菌孢子后，约到四到八小时内发病，起病急骤，畏寒、高热、汗多，全身不适、食欲不振、恶心、头痛、胸闷、气短、干咳，或者是有少量的黏液痰，此时容易被诊断为感冒，但上呼吸道症状不明显，大约有百分之十的患者可出现哮喘样发作、皮肤瘙痒和粘膜水肿等变态反应症状。体检时可见呼吸急促，甚至缺氧的现象。
慢性型，反复接触大量抗原者病情长期不愈。临床可见咳嗽、咳痰、呼吸困难、缺氧发绀、极度乏力。继发感染者可发烧、多汗，此时极易误诊为慢性支气管炎。体检可有肺间质纤维化体征和两肺散在湿啰音。
急性农民肺诊断，慢性型患者常因症状迁延不愈，但在其急性发作时，临床表现又不典型而容易被误诊。故必要时应该进行血清免疫学的检查，甚至进行肺活组织检查，结合临床综合判断，此时胸片上的改变已经很难消失，肺功能减退也很明显，诊断不太困难。