肠结核患者可以吃益生菌类的药物来缓解症状。尤其是肠结核患者同时有肠道菌群功能失调，有腹痛、腹泻症状时，适当服用益生菌类的药物，可以调节肠道的菌群功能，促进疾病的缓解。同时也需要给患者服用抗结核的药物。
如果腹痛症状较为严重，还可能需要给患者使用抗胆碱能药物缓解疼痛，要注意纠正脱水、电解质，以及酸碱平衡紊乱。
对于有急性肠穿孔或者其他严重并发症的患者，需要手术治疗，该疾病的预后与早期的诊断以及治疗有关系。