首先是病原微生物的状态不同，在人体的作用时间不同，安全性也不相同。减毒活疫苗的优点，能诱导体液免疫和细胞免疫两种免疫反应。有的制品通过自然感染途径接种，还可以诱导出粘膜免疫，使机体获得较广泛的免疫保护。
使用的是活的微生物，可在机体内长时间起作用。而诱导较强的免疫反应，活的微生物具有再生值的特性，理论上只需接种一次，既可以达到免疫的效果。可能引起水平传播。增强群体免疫的屏障，无需添加佐剂。减毒活疫苗的缺点一般减毒活疫苗均保留一定残余的毒力，对一些个体可能诱发严重的疾病，由于种种原因减毒活疫苗有可能出现毒力返祖的现象，是活微生物制剂，可能造成环境污染。而引发交叉感染等。缺损颗粒可能干扰免疫效果产品的分析评估一般较为困难。保存、运输等条件要求较高，如需冷链的。