近端肾小管酸中毒致病本质为近曲小管重吸收碳酸氢根功能缺陷，机制包括上皮细胞受损、Na-K-ATP酶活性降低或碳酸酐酶缺乏。而它的临床表现主要表现为骨病。骨病的发生较Ⅰ型肾小管酸中毒患者多见。
在儿童中，佝偻病、骨质疏松、维生素D代谢异常等较常见，成年人主要表现为骨软化症。部分患者尿磷排泄增多，出现血磷下降和继发性甲状旁腺功能亢进。此外，还会出现继发性醛固酮增多症，促进钾离子的排泄，可以出现低钾血症，但程度较轻。最后，近端肾小管酸中毒还会出现肾结石和肾钙沉着症，但较少发现。