肛瘘的高位和低位之分在于瘘管与肛门外括约肌位置分布，以肛门外括约肌深部水平划线为标志。瘘管如果经过此线以上，为高位肛瘘；经过此线，以下为低位肛瘘。
高位肛瘘还分为高位单纯性肛瘘和高位复杂性肛瘘，高位单纯性肛瘘有一条瘘管、一个内口、一个外口；高位复杂性肛瘘的瘘管有分支，内口有一个或两个以上，外口有两个以上。
低位肛瘘分为低位单纯性肛瘘和低位复杂性肛瘘，低位单纯性肛瘘只有一个内口，一个瘘管和一个外口；低位复杂性肛瘘外口和瘘道有两个以上，内口有一个或是几个。