中草药治疗肝脓肿效果并不明显、不科学，很多医生不建议口服中药治疗。肝脓肿的治疗主要分为内科治疗、经皮肝穿刺引流和外科切口引流。
医学治疗主要是使用一些敏感的抗生素来抗感染和根除阿米巴感染。可反复穿刺吸脓、退烧止痛、补充营养等对症支持治疗，鉴于病情严重、脓腔较大可考虑经皮肝穿刺引流。
如果抗感染治疗和穿刺和化脓治疗的效果不好，可以考虑手术治疗。中药治疗不被批准，一些中药可以用于辅助治疗。