腱鞘囊肿可能会自愈，主要见于轻度的腱鞘囊肿。
当腱鞘囊肿处于早期时，由于体积较小，囊内的内容物属于渗出液，可能会逐渐地自动吸收。在此期间，患者应当注意关节部位的保护，多休息，防止腱鞘部位受凉，也可对腱鞘囊肿部位进行热敷，腱鞘囊肿可能会逐渐地自愈。
如果腱鞘囊肿的体积较大，引起了明显的不适症状，一般不能自愈。可通过穿刺抽取的方式进行治疗，在必要时还应进行手术治疗，通过手术将囊肿切除，从而使腱鞘囊肿的复发率降低。