龋齿是由于一种产酸菌属，其中主要是变形链球菌，如杆菌，可使碳水化合物分解产酸，导致牙齿无机质脱矿；另一种是革兰氏阳性球菌，可破坏机制，经过长期作用，可使牙齿形成龋洞；主要是龋齿变形链球菌，其它还包括放线菌属、乳杆菌。
细菌主要是借助菌斑粘附在牙面上、口腔滞留食物中，碳水化合物被降解后，一方面聚集产生黏性葡萄糖，形成的菌斑机制，另一方面碳酸使用牙齿脱矿。
菌斑的形成比较复杂，除大量的细菌，还有糖、蛋白、酶等物质，口腔牙齿外，环境与疾病的发生有着密切的关系。其中，起主导作用的是食物和咸盐。