第一、由于小儿苯丙酮尿症主要是损害神经系统。
如果不早期诊断，确诊和治疗，就可以导致神经系统的不可逆性损害，容易出现一些并发症。
第二、由于家长的忽略，不引起重视。而且新生儿时期，没有给宝宝做疾病的筛查。一般等宝宝3到6个月的时候出现症状或者是宝宝发现了智力落后，在1岁左右症状明显的时候，才给宝宝就诊，才确诊诊错过了宝宝最佳的时间，就可以导致神经系统的不可逆性的损害，就可以出现并发症。
第三、主要是表现为节律性的摇晃动作或者是行为的异常，多动犹郁或者是癫痫的小发作。抽搐严重的还会导致脑瘫或者是智力障碍，所以苯丙酮尿症患者一旦确诊，就要给宝宝采取正确的对症治疗的方法，同时，一定要做到早期预防，就可以避免出现一些并发症。