肠系膜淋巴结炎有可能需要住院治疗，尤其是出现严重并发症的患者，更需要积极地到医院住院治疗。比如患者有并发肠套叠、有引起化脓性肠系膜淋巴结炎时，更需要到医院就诊，根据药物的敏感试验结果合理选择抗感染药物，促进疾病的缓解。
如果通过保守治疗的方式未能改善症状，并且肠套叠持续的时间较长，有引起肠坏死等并发症时，建议及时地给予手术治疗。
如果该疾病的患者只有腹痛，并且腹痛持续时间不长时，可以自行在家里口服用药治疗。