高位肛瘘可以手术治疗。
肛瘘一旦形成，只有手术才能根治。高位肛瘘的瘘管深，一般位于外括约肌深层或肛门直肠环以上，如果手术时损伤这些肌肉组织，会引起大便失禁，手术难度大，复发率高。治疗高位肛瘘在保证治疗效果的前提下，要尽量减少对肛门直肠局部组织的损伤，保护正常肛门功能。
高位肛瘘手术一般采用挂线疗法，挂线的目的是使后期创面缩小后起到引流作用，慢性切割括约肌，保护肛门括约肌的功能。